CPMD и переходные состояния

yurijm123

Как оптимизировать геометрию состояния, отвечающего минимуму потенциальной энергии в CPMD я понял. А как искать переходное состояние в реакции или оптимизировать геометрию переходного состояния, имея его приближенную структуру? Из руководства ничего не понятно.

Yakoffsax

для начала я бы предложил не путать основное и возбужденные состояния (тут еще при этом обычно и мультиплетность указывают) с экстремумами на поверхности потенциальной энергии какого-то состояния- минимумами и переходными состояниями.

yurijm123

Исправил

natastream

Если есть приближенная геометрия переходного состояния - то запускать с нее поиск седловой точки на поверхности потенциальной энергии, т.е. когда ровно одна частота в спектре нормальных колебаний становится мнимой.
keywords: transition state, saddle point

yurijm123

а пример входного файла для CPMD не дадите?

natastream

я не пользовался CPMD
c CPMD есть еще такой нюанс: в нем реализован DFT, который нормально считает только основное состояние. В то же время, скажем, для корректного описания адиабатической ППЭ при гомолитическом разрыве ковалентной связи (когда образуются два радикала) надо рассматривать смесь синглетного и триплетного состояний, как это делается скажем в методе конфигурационного взаимодействия, в противном случае энергия барьера может оказаться завышена. Что в этой ситуации дают разные DFT функционалы - большой вопрос. Я бы погуглил прежде чем считать.

yurijm123

Мне от CPMD нужна оптимизированная геометрия. Окончательная оптимизация с расчетом энергии будет делаться в пакете ORCA, который оптимизирует медленно. А ещё у последнего криво реализована возможность рестарта.

natastream

ну если у тебя система не очень большая, можно GAMESS попробовать - там есть поиск грустных точек (RUNTYP=SADPOINT)

Yakoffsax

Мне от CPMD нужна оптимизированная геометрия. Окончательная оптимизация с расчетом энергии будет делаться в пакете ORCA, который оптимизирует медленно. А ещё у последнего криво реализована возможность рестарта.
юзай Firefly и будет тебе счастие. (это PC GAMESS который).

yurijm123

В том и проблема, что система велика - 233 атома, что требует распараллеливания расчета. GAMESS у нас не дружит с суперкомпьютером. Если бы система была маленькая, я бы провел расчет на локальной машине и не мучился.

Yakoffsax

GAMESS у нас не дружит с суперкомпьютером.

GAMESS (US) и FIREFLY отлично дружат с суперкомпьютерами.

natastream

юзай Firefly и будет тебе счастие. (это PC GAMESS который).
я не то чтобы агитирую против PCG, но не могу не отметить, что
1) код закрытый
2) пишется, я так понимаю, силами одного человека
и это уже имело негативные последствия, например, в виде долгой неработоспособности оного на ломоносове, пока кудесник А.А.Грановский все не пофиксил. Лично я не люблю зависеть от чуужой магии.

natastream

коллега недавно на ломоносове собрал gamess us, вроде все пучком

Yakoffsax

коллега недавно на ломоносове собрал gamess us, вроде все пучком
да там сейчас и делать-то ничего не надо пару скриптов запустил, пути к библиотекам и компиляторам указал и все.

Yakoffsax

и это уже имело негативные последствия, например, в виде долгой неработоспособности оного на ломоносове, пока кудесник А.А.Грановский все не пофиксил. Лично я не люблю зависеть от чуужой магии.
скажи спасибо нашим "специалистам" из НИВЦ за это.

natastream

скажи спасибо нашим "специалистам" из НИВЦ за это
специалисты нивц горбатятся впятером обслуживая (в какой-то момент) 13ю строчку top500.
потому что на кластер денег дали, а на людей - нет
так что им вполне себе спасибо!

Yakoffsax

специалисты нивц горбатятся впятером обслуживая (в какой-то момент) 13ю строчку top500.
потому что на кластер денег дали, а на людей - нет
так что им вполне себе спасибо!
причем, основную работу выполняет там товарищ Жуматий. Нет, в некотором смысле они молодцы, что хоть как-то этот кластер еще работает, пусть и усилиями такого небольшого коллектива. Другой разговор, что работа построена в корне не правильно- этим должно заниматься бОльшее число квалифицированных специалистов- тогда и работать все будет идеально. И тут вопрос, конечно, не к этим 5 людям а к их начальствую и выше.

Soror

cp2k попробуй

Soror

но на самом деле TS с CPMD будет тяжело найти. Я бы даже не брался. Лучше всего просканить вдоль предполагаемой внутренней координате и проинтегрировать, так ты получишь свободную энергию. Грубо можно взять структуру в максимуме и уже дооптимизировать ab initio или dft.

natastream

+1
вот arch файл для cp2k на ломоносове:
перед компиляцией сделай

$ module load intel/13.1.0 mkl/4.0.2.146 impi/4.1.0


# lomo.impi
MKL_ROOT = /opt/intel/mkl
MKL_LIB = $(MKL_ROOT)/lib/intel64
MKL_INCLUDE = $(MKL_ROOT)/include

CC = cc
CPP =
FC = mpif90
LD = mpif90
AR = ar -r
DFLAGS = -D__INTEL -D__FFTMKL -D__parallel -D__BLACS -D__SCALAPACK
CPPFLAGS =
FCFLAGS = $(DFLAGS) -O3 -xHost -heap-arrays 64 -funroll-loops -fpp -free
FCFLAGS2 = $(DFLAGS) -O1 -xHost -heap-arrays 64 -fpp -free
LDFLAGS = $(FCFLAGS)
LIBS = -Wl,--start-group \
$(MKL_LIB)/libmkl_scalapack_lp64.a \
$(MKL_LIB)/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a \
$(MKL_LIB)/libmkl_intel_lp64.a \
$(MKL_LIB)/libmkl_sequential.a \
$(MKL_LIB)/libmkl_core.a \
-static-mpi \
-Wl,--end-group

OBJECTS_ARCHITECTURE = machine_intel.o


graphcon.o: graphcon.F
$(FC) -c $(FCFLAGS2) $<

Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: