(хелп!) любая прога под Вин для протеин-лиганд докинга ищется

igrun598

плз! нужна помощь! ищется более-менее достойная прога для докинга молекул в макроструктуру для оценки лиганд-рецепторного взаимодействия. что-то слышал о Gold, Autodock, flexX и пр. Но нужна под виндоус, другой системы нема. Пожалуйста! очень нужно!

igrun598

и еще, подскажите, как грамотно сконвертировать *.mol2 файлы в брукхейвеновские *.pdb ?

Andres

Пользовал Autodock.
Под cygwin-ом компилится нормально.
Перевод mol2 -> pdb производится в лоб скриптом, который пишется 2 минуты. Для более грамотного перевода ботай спецификацию формата.

HardamSee

так есть подозрения кто это
что диплом горит? ну заходи помогу чем смогу но только в воскресенье...
есть пару решении под винду, дату отмотаеш все будет ок...в локаль выкладвать не буду

HardamSee

Перевод mol2 -> pdb производится в лоб скриптом, который пишется 2 минуты
да что вы говорите
ну-ну
посмотрю я на этот скрипт...
большинство прог до сих пор ругается на pdb и мол2 а проги то ого-го коммерческие (gold, Icm) - лучше скачать бесплатный для акалемиков вьювер ds_viewerpro и не парится....там и можно перевести...

igrun598

им то и пытался перевести, но при загоне в тот же хекс полученного пдб очень ругается, да и вообще какой-то левак выплывает (типа остатки в воздухе висящие)...

HardamSee

Hex - полная фигня! она для лиганд-белкового докинга не заточена! забудь про нее!
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: