Перевод текста по биохимии

alexshamina

transition state of the enzyme -?
2. Protease inhibitors start from cleavage-site peptides, where the involved amide bond is converted into another functionality. Experience shows that serine and cysteine protease inhibitors should contain the P-1, P-2, etc., amino acids (the "amino-terminated" peptide sometimes combined with a carboxyl group modification that is capable to interact with the catalytic serine or cysteine.

DIKKI

transition state of the enzyme -?
--------------------------
По всей видимости это либо:
зона трнсформации фермента
либо
зона перехода фермента
Но первое вероятнее с учетом смысла нижеследующего предложения
---------------------------------------------------------------------------------------------

FANTOM

Переходное состояние фермента. Имеется ввиду, то промежуточное состояние между тем, как фермент захватил субстарт и модификацией субстрата..
Второе, чуть позже...

sidorskys

Protease inhibitors start from cleavage-site peptides, where the involved amide bond is converted into another functionality. Experience shows that serine and cysteine protease inhibitors should contain the P-1, P-2, etc., amino acids (the "amino-terminated" peptide sometimes combined with a carboxyl group modification that is capable to interact with the catalytic serine or cysteine.
Больший кусок запости.
Так я не понимаю, что обозначают P-1, P-2.

stat2814955

P-1 Ni, P-2 Ni?

stat2814955

Protease inhibitors start from cleavage-site peptides, where the involved amide bond is converted into another functionality
Ингибиторы протеазы сначала действуют на пептиды, расположенные на cleavage-позициях, где (включенные) амидные группы преобразуются в иные фукциональные группы...

stat2814955

Experience shows that serine and cysteine protease inhibitors should contain the P-1, P-2, etc., amino acids (the "amino-terminated" peptide sometimes combined with a carboxyl group modification that is capable to interact with the catalytic serine or cysteine.
Как показывает опыт, ингибиторы серин и цистеинпротеазы скорее всего содержат р1, р2, etc., аминокислоты (пептид с концевой аминогруппой иногда соединенные с модифицированной карбоксильной группой, способные (речь все еще про аминокислоты) вступать в каталитическое взаимодействие с серином или цистеином
Каша какая-то...

sidorskys

Каша какая-то...
Угу. Да и вообще криво и кое-где неправильно.

kjjff

По всей видимости это либо:
зона трнсформации фермента
либо
зона перехода фермента
если не знаешь, лучше не пиши

sidorskys

Protease inhibitors start from cleavage-site peptides, where the involved amide bond is converted into another functionality. Experience shows that serine and cysteine protease inhibitors should contain the P-1, P-2, etc., amino acids (the "amino-terminated" peptide sometimes combined with a carboxyl group modification that is capable to interact with the catalytic serine or cysteine.
Ингибиторы протеаз начинаются с пептидов сайта расщепления, в которых участвующая в реакции амидная связь имеет иную функциональность.
Опыт показывает, что ингибиторы сериновых и цистеиновых протеаз должны содержать аминоксилоты P-1, P-2 и т. д. (пептид N-конца фермента иногда в сочетании с модификацией карбоксильной группы, за счёт которой она способна взаимодействовать с каталитическим серином или цистеином, например в случае модификации альдегидом, активированным кетоном, хлорметилкетоном или борной кислотой.
С другой стороны, ингибиторы металлопротеаз...

sidorskys

Имеется ввиду, то промежуточное состояние между тем, как фермент захватил субстарт и модификацией субстрата..
Слишком грубое определение.
По теме тогда уж соответствующее какому-то (если не один, а тут не один, а два обычно) максимуму на диаграмме пот. энергия - координата реакции.
А вообще это состояние, соответствующее перевальной точке на поверхности потенциальной энергии.
В этой статье собственно и говорится об ингибиорах, разработанных по примеру переходного состояния, то бишь, чтобы они хорошо в нём "усаживались" и мешали.

kjjff

Protease inhibitors start from cleavage-site peptides, where the involved amide bond is converted into another functionality. Experience shows that serine and cysteine protease inhibitors should contain the P-1, P-2, etc., amino acids (the "amino-terminated" peptide sometimes combined with a carboxyl group modification that is capable to interact with the catalytic serine or cysteine.
Ингибиторы протеаз сначала действуют на участки расщепления пептидов (имеются ввиду пептидные связи, по которым белки обычно расщепляются ферментами) , где амидная связь преобразуется в другую группу (модифицируется, изменяется химически) . Опыт показывает, что ингибиторы сериновых и цистеиновых протеаз должны содержать P-1, P-2, и т.д., аминокислоты ( "пептиды" с терминальными аминогруппами) смысл немного неясен, так как одиночные аминокислоты - это не пептиды , которые иногда содержат модифицированную карбоксильную группу, что способствует ее взаимодействию с OH-группами серина и SH-группами цистеина

kjjff

с пептидов места расщепления
амидная связь имеет иную функциональность
с каталитическим серином или цистеином
модификации альдегидом, активированным кетоном, хлорметилкетоном или борной кислотой

sidorskys

Ингибиторы протеаз сначала действуют на участки расщепления пептидов (имеются ввиду пептидные связи, по которым белки обычно расщепляются ферментами)
Ты хоть прочитал, что написал?
с каталитическим серином или цистеином
Ну пусть будет "участвующий в катализе".

kjjff

читал, переведено тоже с извратом, согласен
но смыл немного проявляется в переводе в целом

sidorskys

Ты не понял. То, что я взял в цитату, не имеет смысла.

kjjff

расскажи лучше, что такое активированный кетон и как он модифицирует карбоксильную группу, и посредством чего в итоге облегчается ее взаимодействие с серином или цистеином
я не могу сразу сказать, так как не биохимик, интересно стало

sidorskys

В итоге к карбоксильной группе оказывается прилеплена конструкция с OH гр на конце, способной легко образовать эфирную связь при взаимодейстии с OH/SH гр серина/цистеина. После образования связи этот остаток соответственно блокируется.

stat2814955


так чтоли?

Litusik

А ты здесь главный переводчик?
Не затыкай рот другим, да не заткнут будеш!

stat2814955

сам-то чем пришел похвастаться?

sidorskys

Вообще я неправильно написал.
OH гр на конце будет в случае борной кислоты, в остальных что-то другое, хлор например.
К тому же тут не совсем понятно, то ли они модифицируют имеющуюся карбоксильную группу, пришивая вышеперечисленное, то ли изначально это вместо неё поставлено.

alexshamina

Господа!
Всем спасибо. Как я понял, трудности у всех одинаковые в переводе этого креатива.
Вот предложение, в котором учатсвует первая фраза:
In recent yeras, many enzyme inhibitors were developed from leads that mimic the transition state of the corresponding enzyme.
Собственно мне совершенно не понятно, в каком смысле здесь употребляется
the transition state. Мне кажется, что автор этого креатива путает active center
и transition state. Или я путаю что-то?
Другое...
Что означает Р-1, Р-2...
serine and cysteine protease inhibitors !
Насколько я понимаю, протеазы - ферменты, расщепляющие пептиды, но
не аминокислоты. Или что означает сериновые, цистеиновые протеазы?

sidorskys

Чего тебе не понятно?
Всё в общем-то понятно, кроме того, как именно (ввиду малых подробностей) модифицируют амидную связь, которая должна была бы в субстрате рваться и карбоксильную группу.
Бери мой перевод, только замени "иную функциональность" на другую ф-циональную группу.
Собственно мне совершенно не понятно, в каком смысле здесь употребляется
the transition state.
По теме тогда уж соответствующее какому-то (если не один, а тут не один, а два обычно) максимуму на диаграмме пот. энергия - координата реакции.
А вообще это состояние, соответствующее перевальной точке на поверхности потенциальной энергии.
В этой статье собственно и говорится об ингибиорах, разработанных по примеру переходного состояния, то бишь, чтобы они хорошо в нём "усаживались" и мешали.
Мне кажется, что автор этого креатива путает active center
и transition state. Или я путаю что-то?
Не путает. Ты путаешь.
Другое...
Что означает Р-1, Р-2...
serine and cysteine protease inhibitors !
Положение аминокислоты. Какое-то.
Сериновые и цистеиновые протеазы. Соответственно ключевую роль в катализе играет серин/цистерин.

alexshamina

Ингибиторы протеаз начинаются с пептидов сайта расщепления, в которых участвующая в реакции амидная связь имеет иную функциональность.
Опыт показывает, что ингибиторы сериновых и цистеиновых протеаз должны содержать аминоксилоты P-1, P-2 и т. д. (пептид N-конца фермента иногда в сочетании с модификацией карбоксильной группы, за счёт которой она способна взаимодействовать с каталитическим серином или цистеином, например в случае модификации альдегидом, активированным кетоном, хлорметилкетоном или борной кислотой.
Ты вообще хоть химию-то знаешь?
Это что: "каталитическим серином" или "связь имеет иную функциональность"
или "начинаются с пептидов сайта расщепления"? Это ты называешь ПЕРЕВОД?
Мой дорогой, это КАЛ!

sidorskys

Ты вообще хоть химию-то знаешь?
Это что: "каталитическим серином" или "связь имеет иную функциональность"
или "начинаются с пептидов сайта расщепления"? Это ты называешь ПЕРЕВОД?
Мой дорогой, это КАЛ!
Вот ты я смотрю химию не знаешь, раз такие тупые вопросы задаешь.
Не нравится - сам переводи. У меня смысл по крайней мере в порядке, хоть о форме особо не заботился.
В общем почитай сначала хотя б главу о ферментативном катализе в какой-нить книжке, а потом берись что-то переводить, а то, я смотрю, у тебя самые примитивные понятия ферментативного катализа недоумение вызывают.

kjjff

напиши теперь свой перевод более доступным языком, чтобы всем было понятно,
изложи свои мысли как положено,
думаю, тебе это не составит труда,
иначе - имхо, он прав!
ты, между прочим так и необъяснил (как химик что такое "активированный кетон"

aibolit

P1 и P2 - это аминокислоты, идущие в направлении N-конца N-концового пептида, образующегося при расщеплении белка: P1 - первая от места разрыва (после которой и происходит расщепление P2 - вторая, это общепринятая номенклатура в области исследования протеаз

sidorskys

между прочим так и необъяснил (как химик что такое "активированный кетон"
Честно говоря, уже не помню, что именно это такое.
Но на органике этот термин был, как-то их активируют.
И вообще, как говорил один известный физик, истина и ясность - понятия взаимно дополнительные.
Так что пусть автор треда сам до красивой формы перевод доводит, если ему нужно.

aibolit

Во втором куске речь идет о том, как разрабатывают ингибиторы протеаз: разработку ингибиторов начинают с пептидов, копирующих сайты узнавания/расщепления белка-мишени; эти пептиды должны содержать такие же аминокислоты, что и аминокислоты расположенные в положении P1 и P2 белков-мишеней, при этом иногда они содержат модифицированную карбоксильную группу, способную взаимодействовать с аминокислотой активного центра фермента - цистеином или серином. Статья эта посвящена тому, как путем аналогии (этого светила заурядности) с природными мишенями протеаз создают искусственные ингибиторы. И никакой каши Так и варят эти ингибиторы - на C-конец альдегид повесят, а на N - биотин, за который потом можно выловить протеазу.
Сериновые и цистеиновые протеазы - это два наиболее крупных семейства протеаз, цистеин и серин - это аминокислоты их активного центра, которые и осуществляют разрыв пептидной связи белка-мишени.
Бессонница у меня

kjjff

а почему те пептиды должны иметь ту же аминокислотную последовательность, что и в молекуле-мишени?
как происходит такое молекулярное распознование?
меня даже больше интересует взаимодействия антитело-белок!...
как биотин, "обычный" гетероцикл, распознает такой гликопротеин, как авидин (или стрептавидин)? Там же нет никакого точного структурного соответствия!...
а ведь взаимодействия высоко-специфичны!

alexshamina

Спасибо за толковое объяснение!
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: