Плотность молекулы глобулярного белка

Dinara120273

Существуют ли такие данные? Необходимо для перевода из массы молекулы в ее диаметр.

demiurg

А насколько точно тебе нужен диаметр? Number density там 1. Диаметр почти 2-3 нм можно взять почти для любого белка

demiurg

The mass density of proteins is a relevant basic biophysical quantity. It is also a useful input parameter, for example, for three-dimensional structure determination by protein crystallography and studies of protein oligomers in solution by analytic ultracentrifugation. We have performed a critical analysis of published, theoretical, and experimental investigations about this issue and concluded that the average density of proteins is not a constant as often assumed. For proteins with a molecular weight below 20 kDa, the average density exhibits a positive deviation that increases for decreasing molecular weight. A simple molecular-weight-depending function is proposed that provides a more accurate estimate of the average protein density.
Protein Sci. 2004 October; 13(10): 2825–2828. Average protein density is a molecular-weight-dependent function
HANNES FISCHER,1 IGOR POLIKARPOV,2 AND ALDO F. CRAIEVICH1
1Institute of Physics and 2Institute of Physics of São Carlos, University of São Paulo (USP São Paulo-SP, Brazil
сказал гугл
меняется у них от 1.2 до 1.5 г/см^3

ploder

нам в лекции давали 1,2 г/см3 как среднюю величину.
это, конечно, для оч приблизительных оценок, 1,5 тоже может быть.
насчет того, что 2-3 нм для любого белка - довольно сомнительно. бывают и 5. а еще от числа субъединиц зависит.

demiurg

Ну просто из-за плотной упаковки линейный размер растёт как [math]$\sim N^{\frac{1}{3}} \sim M^{\frac{1}{3}}$[/math], что медленно. Поэтому для очень многих оценок 2-3 нм подходит (да и разброс, вообще-то в полтора раза, от 2 до 3 :) )

ploder

с выкладкой более чем согласна я не буду спорить, что очень большое число белковых молекул укладываются в диапазон 2-3 нм.
но все-таки
химотрипсин: 25кДа, диаметр около 2,1 нм
БСА: 67кДа, 2,8 мн
гемоглобин: 625 кДа, 5 нм )
белки в диапазоне веса от 150 и более в 3 нм не уложатся ) а они есть, и немало.
я против таких обобщений )

Dinara120273

Мне такие данные необходимы для оценки диаметра дырок в фильтрах - 1 кДа, 10 кДа и 100 кДа. Через такие фильтры, как говорят, отфильтровывают белки, поэтому через их плотность хотела рассчитать диаметр. А еще по некоторым данным 100 кДа = примерно 0,1 мкм. Такое может быть?

ploder

100 кДа = примерно 0,1 мкм
ну если именно по плотности рассчитывать, то так не получится ) ибо 0,1 мкм - это, вроде, 100 нм.
а тебе нужно что от чего отфильтровать? белок от примесей, или белки по размерам, или раствор стерилизовать?

ploder

100 кДа = примерно 0,1 мкм
просто у белка еще обязательно есть некоторая гидратная оболочка, то, мне кажется, даже вместе с ней он не дотянет до 0,1 мкм.

demiurg

Такое может быть?
А чё за "некоторые данные"? Не знаю, глобулы должно быть тяжело по размерам разделять, хотя я не в курсе на самом деле. Ну если 1, 10 и 100, то это конечно, большую свободу даёт, однако разница в линейном размере дырки 1, 2, 4.6 — уже не так много

demiurg

Не дотянет.

k11122nu

Вроде, есть сита.

ploder

глобулы должно быть тяжело по размерам разделять
ну, разделять их не так уж и сложно, и, более того, это один из способов разделения белков - по размерам, называется гель-фильтрация. кроме того, на размерах основан диализ - но это просто как метод очистки, а не разделения белков. да и обычныэ белковый электрофорез - тоже разделение по размерам и зарядам, а не только зарядам.
исходя из описания топикстартера, у меня сложилось впечатление, что надо отфильтровать белок через обычный фильтр - бывают бумажки всякие с разным размером пор. насколько помню, при отделении белка из суспензии лизированных клеток я использовала фильтр с диаметром пор 10 нм - и туда прошли ВСЕ белки клеток.
если автору надо разделить белки по размерам, то делать это надо на колонке, причем не обязательно гель-фильтрации, можно на гидрофобной или на ионной. если надо именно гель-фильтрацией и посчитать размеры пор колонок - честно сказать, я гель-фильтрацию ни разу не делала, тут уж надо книжки читать, или хотя бы инструкции к носителям
не помню такого, чтобы можно было белки разделить по размеру на обычном фильтре.

demiurg

Так они свёрнутые при этом? Что полимерные клубки можно электрофорезом или гель-хроматографией — это я понимаю

ploder

Так они свёрнутые при этом?
кто, белки? ну да. надо просто правильный гель и правильный буфер.
а почему они обязательно должны денатурировать?

demiurg

Ну, так разница в размере была бы больше.
А в электрофорезе они по идее должны вытягиваться в поле.

kshangin

По поводу денатурации перед очисткой - денатурация на всегда обратима, а кому потом нужен чистый, но денатурированный белок?
А вот если надо проанализировать смесь без последующего использования, то как раз денатурируют... вот только чем? Мочевиной? SDS? (инет слабый, уточнить не могу, по памяти пишу)

Dinara120273

А чё за "некоторые данные"

От французских коллег добытые. Но доказательств такому факту от них не дождались...
исходя из описания топикстартера, у меня сложилось впечатление, что надо отфильтровать белок через обычный фильтр
Как раз фильтруем природную воду для разделения органического вещества по молекулярным массам через разные типы фильтров, в том числе через 100 кДа, 10 кДа и 1 кДа. Конфигурации гуминовых и фульвокислот различаются с белками, а фильтры предназначены для работ именно с белками, которые представляют собой глобулы в отличие от ГК и ФК. Хочется узнать, какие же размеры наших молекул гуминовой природы отсекаются на этих фильтрах.
И если эти фильтры называются "килодальтонные", то всё-таки, они должны не пропускать молекулы определенной массы или размера?
Путем гель-фильтрации не получится разделить раствор по различным фракциям в большом объеме (да еще в полевых условиях) для различных типов дальнейших анализов, плюс там проблемы с выбором калибровочных растворов...хотя я метод гель-фильтрации затронула недавно, надо еще поизучать его конечно.

ploder

SDS
кипячением с ssd, как правило. и потом в ПААГ гонят. да, в этом случае белок денатурирован и метод пригоден для аналитического разделения.
на самом деле методов электрофореза очень много, и среди них есть и преперативные методы разделения белков на форезе, где белок не денатурирует. потом белок выделяют и пользуют.

ploder

И если эти фильтры называются "килодальтонные", то всё-таки, они должны не пропускать молекулы определенной массы или размера?
вот насчет этого - хз, я такого никогда не встречала, всегда встречала только фильтры с опр диаметром пор, они прям на коробке написаны. имеет смысл почитать что-нибудь на коробке с фильтрами, что именно они пропускают. ну, само собой, поры фильтра имеют диаметр, и на него и надо ориентироваться.
гель-фильтрация, конечно, в полевых услових непригодна, но она очистит белки от примесей.

bazuka1

100 кДа = 0.1 мкм

Вам уже ответили, по сути. А ваши французские коллеги, по-видимому, имели ввиду соотношение между массой белка и средним диаметром пор фильтра, и они были правы. Эту информацию можно найти на сайте Millipore:
http://www.millipore.com/immunodetection/id3/concentration

Но эти соотношения подбираются эмпирически и здесь нет равенства: размер глобулы = размер поры, поэтому вам лучше оттолкнуться от размера белков.
Я читал, что белки, не свернутые в белковые глобулы, а представляющие собой статистический клубок, имеют диаметр приблизительно в 2 раза больший, чем глобулярные белки такой же массы, могу прислать ссылки. Если не ошибаюсь, глобулярный белок массой 10 кДа имеет диаметр порядка 1.5нм, а статистически свернутый клубок с такой же массой - 3нм. Вы можете посмотреть по словам random coil. Мне кажется, что ваши кислоты могут представлять собой нечто подобное.

demiurg

Я читал, что белки, не свернутые в белковые глобулы, а представляющие собой статистический клубок, имеют диаметр приблизительно в 2 раза больший, чем глобулярные белки такой же массы, могу прислать ссылки. Если не ошибаюсь, глобулярный белок массой 10 кДа имеет диаметр порядка 1.5нм, а статистически свернутый клубок с такой же массой - 3нм.
Я бы прикинул, что 3 нм — это где нить для 100 аминокислот, а для 1000 типа 10 нм
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: