Deep sequencing

FANTOM

Вобщем намеряли мне очень много сиквенсов при помощи глубокого сиквенирования. Девочка биоинформатик кластеризовала их и мне прислала. На просьбу по бласту прогнать и мне диаграммы прислать не отвечает, да и пасху справляет уже. Знает кто, есть ли метод быстро прогнать несколько тысяч сиквенсов и результат получить? Я в ручную могу за дня три, но не хочется.

stm6749761

Все еще актуально? Возможна ли оплата? Я считаю это возможным, если это в принципе делается с помощью программы BLAST. Но задача сформулирована (мне как человеку этим профессионально не занимающемуся) непонятно.

stm6749761

Поясню своё мнение. BLAST - программа свободная, вроде как собирается и под линуксом и управляется из командной строки. Там же где и сама эта программа лежит и какая-то документация к ней. Ни собирать программу ни читать документацию я понятно не пробовал.
Из этого следует что всё что она умеет можно автоматизировать например применяя скрипты на широкоизвестном линуксоидам баше. Итого нужно собрать программу, скачать нужную базу и найти нужные строки в документации.
Если не повезет, еще и подредактировать исходные сиквенсы, но по условию вручную ТС получает необходимый результат.
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: