Что значит топология белка?

kjjff

объясните простым языком, плз
в контексте, белки различной топологии (proteins of different topology)

aldo63

Общие свойства объектов, не зависящие от формы конкретных экземпляров.

NHGKU2

Ну наверное, имеется в виду, что белки различной топологии - это те, которые нельзя совместить непрерывной (т.е. без разрывов связей) деформацией в пространстве. Если знать, как выглядят молекулы белков в пространстве, то должно быть понятно, наверное (я не знаю ).
Это я предполагаю; возможно, в химии имеется какое-то своё понятие топологии.

leg77

Насколько я понимаю, это абстракция формы от метрики.
Типа справа всегда справа, независимо от того, насколько.

aldo63

А у листа бумаги всегда две стороны, независимо от того, Мебиуса он, или нет.

dinisjuk

мб взаимное расположение частей чего-либо (например, субъединиц белка) в пространстве?

NHGKU2

"Справа" - это не абстракция формы от метрики.

lena1978

дилетанты любят говорить красиво
то, что они имели в виду, это чем кольцо отличается от палки. а типа Р и Ь - одно и то же

sergeymorozov

похоже ещё один синоним русского слова "ФОРМА"

kjjff

т.е. получается, что топология не зависит от первичной структуры белка, а определяется его формой,
а нативная форма для каждого белка существует одна, а с другой стороны, любые разные белки не могут быть одинаковыми, т.е. все белки "топологически" разные?
что-то странно, не может такого быть
может имеется ввиду похожесть по форме разных белков, а не их точное соответствие?
последнее точно не возможно

demiurg

давай побольше контекста, а то действительно непонятно. Но пока я бы согласился с точкой зрения о том, что "любят говорить красиво". Иными словами, думаю, что имеется в виду форма конформации как сплошного геометрического объекта.

kjjff

все, теперь немного ясно
под "топологиями" имели ввиду альфа-спирали (a-helix) и бета-листы (b-sheets) белков, т.е. белки сравнивали в таком структурном отношении
например, белки каждой названной структуры имеют различную топологию

demiurg

пидарасы... я ни разу не видел, чтобы альфа-спирали и бета-листы называли топологиями. Есть же термин - вторичная структура.

fatality

пидарасы...
+1

roman1606

Поджигаете, ребята!

kjjff

Это из статьи. Скорее всего за границей принято так говорить, или, по крайней мере, в расчетной химии этот термин очень часто используется

bhyt000042

Нифига оно не русское. В русском не было буквы "Ф"

naami_moloko

объясните простым языком, плз
в контексте, белки различной топологии (proteins of different topology)
Одно из напрвлений топологии - люди занимаются инвариантами узлов и зацеплений. Вводятся топологические инварианты, и потом можем узнать про 2 узла являбтся ли они топологически жквивалентными (как правило инварианты узлов - гомотопические инварианты)
Белки могут скручиваться и образовывать зацепления, вот и смотрят на тип зацепления.

naami_moloko

Я прав?

kjjff

а что за зацепления могут образовывать белки?
как физически себе это представить?

demiurg

Да, белки, как и другие полимеры, могут образовывать зацепления (это, например, на упругость расплава полимеров влияет но ShOleg говорит, что тут имеется в виду не это, а вторичная структура. Так что это слово тут не стоит говорить.

aibolit

В биологии под топологией понимают обычно не то, что в математике и когда говорят о топологии белка - имеют ввиду вид поверхности его глобулы - имеет ли она выступы, впадины и тп.

Xephon

зацепление или узел - это свойство вложения многообразия, а топология у всех узлов - окружности
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: