Стадии молдинамического расчета

Nitochka

Сам этим не занимаюсь, а понять хочется один небольшой момент.
Вот мы задали начальную геометрию системы, все поля какие надо и т.д. Дальше системе дают некоторое время на релаксацию. И только потом начинают семплировать конфигурации и в этих точках считать то, что хочется посчитать.
Интересует, при каких условиях делается каждая стадия молдинамического расчета? Я так понимаю, релаксация делается при постоянной температуре, то бишь система с некоторой вероятностью может перепрыгивать через потенциальные барьеры. А собственно семплирование делается при постоянной энергии системы (тогда при какой?). Я прав?
Если я тотально не понимаю этот раздел науки - пошлите меня в простенький мануал, соответствующий уровню вопроса :)

demiurg

Сначала вообще могут минимизировать энергию чисто геометрически двигая атомы.
А симулируют естественно при постоянной температуре, ведь в реальности твои молекулы и постоянной температуре именно

Nitochka

Ага, то бишь и в режиме семплинга система может в любой минимум попасть?

sslk

Почитай про метод монте-карло, например в википедии даже, это как раз про потенциальные барьеры и минимум, это не сама мд.

demiurg

может в любой минимум попасть?
Теоретически :grin: Только может гонять её придётся больше чем возраст Вселенной :)

demiurg

Он-то про МД спрашивает, а не про МК

Nitochka

Ясно. А что же таки с микроскопической точки зрения делается в режиме релаксации? Просто начальный этап, когда система ищет более-менее правдоподобную геометрию?

demiurg

Не очень понял вопрос.

Nitochka

Ну чем отличается таки начальная релаксация от того режима, в котором начинают набирать статистику?
Я просто не слишком понял фразу
Сначала вообще могут минимизировать энергию чисто геометрически двигая атомы.

Дык в МД только так энергия и минимизируется, не? :)

demiurg

Дык в МД только так энергия и минимизируется, не?
Я хз насколько это МД. Там же разные алгоритмы есть, они могут быть не связаны с уравнениями Ньютона.
Ну чем отличается таки начальная релаксация от того режима, в котором начинают набирать статистику?
Ну вообще ничем. Но в зависимости от того, как ты систему готовил, у тебя может быть несколько разных этапов подготовки(* но всё равно перед началом сбора данных будет один при точно таких же условиях. То есть грубо говоря, выбросишь какой-то кусок начала симуляции.
---
(*) Например, мы как-то делали одну штуку, там типа была вода, масло (типа октан что ли) и ПАВ, но понатыкали молекул регулярно, и надо было расплавить. Ну и там какое-то время в NVT гнали, потом в NPT, да ещё при температуре типа 800 градусов, каковая на самом деле нам не нужна была. Потом обратно охлаждали.

Nitochka

NVT
Это, я так понимаю, обозначение макроусловий: постоянство температуры/объема/количества, верно?

sslk

да

sslk



система с некоторой вероятностью может перепрыгивать через потенциальные барьеры
МК же это

demiurg

Система может и в МД через барьеры перебираться. Про МД спрашивает Юпитер, МК здесь ни при чём.

Nitochka

Спасибо, господа, вы внесли вклад в отечественную науку :)

demiurg

И даже более того, настоящая система же тоже переходит через барьеры. МК ни при чём.
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: