Длинна С-Н и N-H в РСА и в расчетах

lyamofonov

Были получены данные РСА для большой органической молекулы. Их обсчитали Gaussian'ом и получили след. отличия:
C-H на 11.6 - 16.9% длиннее
N-H на 16.1% длиннее
О-С(ар) на 0.5% короче
О-С(Ме) на 0.1% длиннее
О=С на 0.3% длиннее
Как можно объяснить такое отличие длинн связей ? Отличия меньше процента думаю можно не рассматривать, а с чем связано такое большое отличие для связей с водородом ?

alexshamina

то, что измеряют в РСА и то, что вычисляют в ходе квантхим расчётов - разные по физ. смыслу величины. они не должны совпадать!

lyamofonov

Из результатов РСА были взяты координаты атомов => рассчитаны длинны связей.
Gaussian'ом рассчитали геометрию => получили длинны связей.
РСА снимали для твердого в-ва, расчеты были для изолированной молекулы в газообразном состоянии.
"Нормальным" длиннам связи больше соответствуют результаты расчетов. Вроде бы в РСА есть погрешность для легких атомов, но как это научно объяснить ?

alexshamina

ну ещё от базиса слегка должно зависеть.
повторюсь ещё раз, это разные по физ. смыслу величниы и их нельзя непосредственно сравнивать между собой. к сожалению, я не помню точно в чём различие. посмотри: Буркерт, Элинджер, "Молекулярная механика". в ней в самом начале объяснено, чем отличаются между собой данные различных структурных исследований и расчётные величины.
сильные различия в длинах Х-Н могут быть связаны, наверное, с недостаточной точностью в определении "положения" водорода

Grin_23

не знаю что такое РСА (рентгенно структурный анализ*?) но извините даже если это и кристалл, то ориентацию водородных связей мне кажется очень редко когда можно определить достоверно...и вообще задача нахождения местоположения водорода в твердом теле весьма не тривиально...по сути только ЭПР, ИК и ещё пара методов

alexshamina

по сути только ЭПР, ИК
эээ... ну..

olga58

В РСА водородов не видно... ошибка расчета положения протонов программы обработки спектра РСА

lyamofonov

 В РСА водородов не видно... ошибка расчета положения протонов программы обработки спектра РСА
Т.е. из данных РСА (да, это рентгено-структурный анализ) нельзя непосредственно получить координаты ат. водорода и их положения расчитываются приближенно ?

olga58

Да

olga58

Можно диффракцией нейтронов

lyamofonov

Спасибо. А можно какую-нибудь доступную (желательно в электронном варианте) ссылку, по поводу невозможности получений коорд. ат. водорода непосредственно ?

Grin_23

В принципе я тут подумал, формально методом Ритвельда анализируя профили простого рентгена может быть и можно...
Но достоверно, только на синхротроне или на нейронном реакторе все же...
Хотя это как я понимаю вопрос из первого поста какая то рутина... я слышал, что в каком то институте РАН на ряде каких то модных установок исследуют кристаллы органики...так они там статьи штампуют по пять штук в день!

lyamofonov

Задача стоит не в точном определении параметров в-ва, а в объяснении расхождения теории и эксперимета. Очень желательно с ссылкой на статью или книгу.

alexshamina

в объяснении расхождения теории и эксперимета
я тебе дал ссылку. смотрел?

lyamofonov

я тебе дал ссылку. смотрел?
Буркерт, Элинджер, "Молекулярная механика" ?
Еще не дошел до библиотеки

Memfis

Gaussian'ом рассчитали геометрию => получили длинны связей.
Что такое "рассчитали Гауссианом"? Каким методом, в какой базисе? От этого полученные длины связей драматически измениться могут.

Nitochka

+1. В зависимости от метода только можно получить ошибку процентов в 200%.
Так же, как можно фуллерен с 60 неспаренными электронами насчитать.
А ваще - систематическая ошибка процентов на 10 по сравнению с экспериментом - в данном случае нормально.

lyamofonov

Каким методом, в какой базисе?
B3LYP/6-31++G(d,p)

Nitochka

Ну ваще то нормальное вполне себе отклонение. Тем более есть разница между твердой фазой и газовой.

stm5853057

фига, это 1 базис или 2?

Memfis

Один, а что тебя смущает?

stm5853057

да пошутил я, просто название длинное
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: