[openbabel] Изменить нумерацию связей

lerroy

Задача следующая.
Есть одна и таже молекула оптимизированная в разных состояниях, сохранена в xyz формате, порядок атомов один и тот же.
Хочется посмотреть как изменились характеристики определенных связей и для этого требуется чтобы эти связи шли в одинаковом порядке.
Использую python обертку для openbabel, и в сгенерированых ей OBMol-ах связи идут в разном порядке для разных состояний молекулы (видимо геометрия меняется сильно): например первая связь была атомы 1-3, в другой стала 5-3 и так далее.
Пробовал упорядочить используя http://openbabel.org/api/2.2.0/classOpenBabel_1_1OBBond.shtm..., однако получил просто копию того же молекулярного состояния (что неудивительно :D )
Пробовал генерить mol2 файлы используюя pybabel и даже записывал все молекулярные состояния в один файл (как разные кадры все равно не помогло: начальные и конечные номера атомов для связей с теми же id разные.
Что подскажете?

elenakozl

А если попробовать конвертировать в какой-нибудь формат Z-matrix?

lerroy

Сейчас попробую, по идее да, кажется логичным что алгоритм построения Z матрицы при одинаковом порядке атомов выдаст тот же порядок связей.

lerroy

Таки-да, конвертация в z-matrix сделала свое дело.

lerroy

Так вот все-таки не помогло. Почему-то для одного случая прокатило, а для других генерируются зед-матрицы с разным порядком атомов, и в итоге опять связи получаются с перепутанным порядком "начало-конец".
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: