Вопрос об обозначении остатков по номеру в спирали для белков одной ст

kampot

Для белков, имеющих идентичную третичную/четвертичную структуру, но разную первичную (например, для альфа и бета субъединиц гемоглобина) используют общие обозначения остатков по номерам в спирали. Например, обозначение "В10" - 10 аминокислота из спирали В - указывает на один и тот же остаток в альфа и бета субъединицах гемоглобина, если кристаллические структуры субъединиц наложить друг на друга. Мне нужно определить номера в спиралях некоторых остатков в гемоглобине. Я хотела сначала посчитать просто с начала спирали, но, кажется это не так очевидно как на первый взгляд: судя по уже известным номерам остатков в спиралях петли тоже включаются в спирали при подсчете :confused: Уверена, что должны существовать или подробное структурное описание белков, или руководство как проводить такой подсчет. По логике должен быть утвержденный родоначальник структурного семейства, по которому все и считают, иначе, если учитываются петли, то они у белков из одного семейства бывают разной длины..

woodyM


судя по уже известным номерам остатков в спиралях петли тоже включаются в спирали при подсчете
а на сколько отличается от ожидаемого? (штук а.к.)
можешь дать ссылку на свой источник?

aibolit

Я не знаю ответа на вопрос, но ты можешь наложить первичные или третичные структуры. Если хочешь - я могу объяснить, это делается очень просто.
Я не знаком с литературой по гемоглобину, но по своему опыту знаю, что единой системы выбора "родоночальников семейства" в структурной биологии нет, по крайней мере в реальной науке. К примеру, рибосомную РНК нумеруют согласно Е.coli, потому что исторически она была исследована лучше других и функциональные сайты впервые были установлены для Е.coli и получили свои номера, ставшие нарицательными. Поэтому очень часто для других организмов можно встретить нумерацию нуклеотидов типа 2304, 2305, 2305А, 2305B, 2306, 2308. Здесь 2305А, 2305B - нуклеотиды-"вставки", отсутствующие у Е.coli, а 2307 есть у Е.coli, но отсутствует у данного вида. В тоже время для ряда онкобелков чтобы описать их мутации нередко, для простоты понимания, используют нумерацию человеческих версий (или мышиных версий - опять же, как исторически сложилось и если мутация остатка K53L в человеческой версии приводит к трансформации, то часто все равно говорят о K53L, даже если речь идет о белке мыши или кролика, где K53 на самом деле - К55 или К52. Только делают оговорки и все.

kampot

спасибо за ответы :)
а на сколько отличается от ожидаемого? (штук а.к.)

как оказалось, в первый раз я умудрилась посчитать в неправильном направлении :o по-этому разница получилась в 5 аминокислот. если же считать правильно, разница в худшем случае может быть плюс-минус 1 (это если не угадать, где кончается петля и начинается спираль... ) хотя перед публикациями такую информацию обычно хочется знать точно..
но, вероятно, прав, что в каждой тематике используются некие свою обозначения, которые когда-то были предложены в некой основополагающей статье, а дальше их продолжают использовать другие люди...
на счет гемоглобина - я нашла статью за 1990 год по миоглобину, где (ура!) расписаны все нужные мне остатки и обозначения выглядят так:
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: