Водородная связь

foxik

Гуру-химики и биологи, подскажите, нет ничего необычного в образовании такой водородной связи? Может встречал кто такое (или похожее) взаимодействие в белках, подскажите пример.

olga58

вроде все ок. в белках такое часто, тока вместо пиридина имидазол (гистидин).

ploder

ну с виду ок
а расстояния есть? )

kshangin

Phys. Chem. Chem. Phys., 2004,6, 515-521
DOI: 10.1039/B313495B
Подробное описание, только вместо фенола вода. Мож, пригодится :) А по сабжу да, ничего нереального не вижу.

Sensor4ik

Забавно, что никто еще не заметил.
1) Энергия водородной связи резко падает, если три атома X-H-Y расположены не на одной прямой. Геометрия кольца c водородными связями теоретически может быть разной, но наибольшие углы водородных связей (~120°) получаются, если оно плоское. 120 довольно сильно отличается от 180, так что энергия образования каждой из двух связей будет сильно ниже, чем у обычной водородной связи.
2) При образовании такого кольца (особенно плоского, именно поэтому я сомневаюсь в его плоской геометрии) большой проигрыш в энтропии.
3) Пиридин - основание более слабое, чем алифатические амины. Электронная пара пиридина менее доступна для образования водородных связей. Еще минус по энергии.
Исходя из этого, я бы априорно сомневался в возможности существования таких конфигураций. Но если есть экспериментальные доказательства их существования, я бы ожидал энергию образования такой конфигурации на уровне максимум одной хорошей прямой водородной связи. Поэтому вполне вероятно, что вместо такой конфигурации энергетически более выгодной может стать образование одной связи (той, что слева, с алифатическим амином но в правильной (прямой) геометрии.
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: