(CLOSED) Gaussian output при оптимизации

Soror

Подскажите, пожалуйста, в чем дело:
После оптимизации в G03 (со сканом, если это влияет) использовал z-матрицу на входе.
В выходном файле есть блок "Optimized Parameters", который, надо думать можно впихнуть в z-matrix и
получится оптимизированная геометрия...
1. вставил и получил ерунду: все искареженно, хотя основная структура видна, т.е. проблема скорее всего не в переобозначении, а в чем -то еще.
2. если взять декартовы координаты после этих параметров, то все пучком- геометрия нормальная.
В чем проблема? Мне удобнее использовать zmt вместо декартовых, а тут такая ерунда...
На входе Opt=z-matrix NoSymm и одна из координат сканировалась, т.е. на каждом шаге оставалась фиксированной.

olga58

помоему просто конечный файл надр открывать гаусвью. там все рисуется. или тебе чо-то другое надо?

Soror

мне просто надо из этих файлов извлечь геометрию в каждой точке сканирования, поэтому удобнее самому из файла доставать.

olga58

открой гаусвью, потом сделай чтоб опять считала и скопируй координаты из гауссиана. может так поможет.

Soror

для отдельной точки я могу zmt записать с помощью molden-а (в силу разных причин gview пока не могу поставить) для этого просто открываю файл и беру последнюю геометрию для данной точки скана. Но это в одной или нескольких точках, а если точек сто или больше...)

olga58

извини не знаю, может кто другой подскажет

Lene81

может геометрия в борах (атомные единицы)?

Soror

нет, с этим все нормально, везде ангстремы .
Просто странная вещь, те параметры которые выдает гауссиан не согласуются с геометрией в декартовых координатах... получается, что основная структура нормальная, а некоторые водороды и метильные группы прилипли к кольцам.
Я грешил на молден, думал, может просто отображает не так,
но посчитав scf в такой геометрии, получилась ерунда, еле сошелся. В декартовых все ок.
Может это баг скана или я чего-то не так делаю?

Memfis

Это не баг скана, скорее всего, расчет ведется и соответственно Optimized parameters выдаются в масс-взвешенных координатах, а Molden их потом пытается интерпретировать как обычные. Либо надо пересчитывать, указав использование не масс-взвешенных, а обычных внутренних координат, ну типа Opt(...,Internal либо порыться в Molden, он наверняка должен уметь их понимать, но я не знаю как.

Komandor

Для скана масс-взвешенные координаты не используются. Они будут при IRC!

Soror

Всем спасибо!
Оказалось, что я сам напутал - начинал скан с разных позиций и как выяснилось немного
разных z-матриц (нагенерил сначала по разному и не заметил) а потом вставлял оптимальные параметры в первую "шаблонную" матрицу от чего и поплыли некоторые атомы...
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: