Книги по биофизике

kostya11

Посоветуйте книжек по биофизике, пожалуйста.
Такие чтобы физику-теоретику специализируещемуся в физике высоких энергий не силишком тяжко читать было.
В основном интересует вычислительная биология, протеин дизайн и нейросайнс.
Хотя наверное вначле нужно разобраться с азами. Скоро придется делать домашки по всяким ЧМ в биологии, а знания оставляют желать лучшего.
Впринципе хочется разобраться что это за звери такие (вычислительная биология, протеин дизайн и нейросайнс.)
Язык английский, русский.

demiurg

Это всё будут разные книжки

kostya11

Ну видимо :)
Вообще начать с моей точки зрения стоит с протеинов, ибо домашка грядет.
Но можно и что-нибудь другое. Много - не мало. Мне как новичку все любопытно.
Просто хочется узнать, что людям нравится, ибо amazon + library.nu оно конечно хорошо, но хотелось бы каких-то конкретных советов, ибо что-то могу банально не найти, или найти не на свой уровень etc
Пока что мною были нарыты
1)Nelson - biological physics
говорят там не всегда хорошо с физикой
2)Dayan Abbott theoretical neuroscience
нечитабельная для меня совсем
3)Branden-Tooze Intro to protein structure
Только открыла

demiurg

Именно protein design? Мне кажется, ещё не появилось типа хороших учебников для студентов. Книжки есть, но их пишут типа чуваки по мотивам своих статей и обзоров, знаем мы как такое делается.
Поэтому тут зависит что тебе конкретно надо.
С другой стороны, у тебя даже слишком конкретные может вопросы. По молекулярной биологии всегда интересно читать книжку Molecular Biology of the Cell под редакцией Альбертса. То есть это будет интересно и прикольно, но не факт что конкретно тебе поможет с классами.

demiurg

То есть protein design это сравнительно узкая область. Computational biology наоборот включает в себя реально, всё что угодно. То есть любую теорию и моделирование, имеющее отношение к биологии, поэтому тут не скажешь "что это за зверь".
Neuroscience отдельная очень большая область со своими традициями и заморочками, с первыми двумя особо не пересекающаяся.

kostya11

Ну в protein design в основном интересует та чать что про протеин. Так как профессор говрит "ну очевидно что протеин...". И все с умным видом кивают.
Я наверное у него во вторник все же совета спрошу. Мне как-то сейчас неясно, чего я тянула и не спрашивала. Но он помесь математика и биолога, и вряд ли что-нибудь читабельное посоветует. Он все больше на статьи ссылается.
Neuroscience интересна сама по себе. Скорее наверное даже обзоры интересны, но наверное с этим стоит немного повременить, ибо знание биолгии не позволит читать что-либо на уровне выше описания открытий в какой-нибудь компьюленте, скажем.
Но на будущее совет тоже интересен.

demiurg

Не читал ни одной. Третья, думаю, тебе не подойдёт: старая и слишком структурная, для биологов, а тебе надо для физиков.
Первую не читал, но если "с физикой не хорошо там", то как раз тебе это пофиг, главное чтоб биологию хорошо рассказывали.
Покажи лучше силлабус от класса.

demiurg

Он все больше на статьи ссылается.
Ну это потому что состояние области такое. Я бы тоже на статьи ссылался.

kostya11

Скажем так — меня чет в био... потянуло. Надоела элегантная Вселенная видимо :grin:
Из того что я слышала, мне кажется забавным neuroscience и больше я ничего не знаю.
Но из доступных биокурсов на данный момент была вычислительная биология, в которой в основном собственно говоря дизайн протеинов, поэтому собственно интерес к последнему.
В целом же цель — понять до начала лета стоит ли мне покидать мои сверхшустрые частицы и ради чего именно...
Поэтому на самом деле мне самой не вполне ясно что именно мне нужно. То есть ясно что нужно разобраться и понять что нужно. Как-то так.

kostya11

Силлабус:
AMS 533: Numerical Methods and Algorithms in Computational Biology (Spring semester, 3 credits)
This class will survey many of the key techniques used in diverse aspects of computational biology. We will focus on how to successfully formulate a statement of the problem to be solved, and how that formulation can guide in selecting the most suitable computational approach. A set of problems from a diverse range of problems in biology will be used as examples. Note: Informatic methods for genomic analysis (such as data mining and analysis of nucleic acid and protein sequences) will not be covered. These topics are covered thoroughly in CSE 549.
Pre-requisites: None. Some familiarity with basic concepts in linear algebra and calculus will be needed; extra help on these topics will be available.
Вообще как я выше написала — этот курс не особо моя конечная цель, но думаю полезно разобраться.
А ты биофизикой занимаешься?

demiurg

We will focus on how to successfully formulate a statement of the problem to be solved, and how that formulation can guide in selecting the most suitable computational approach. A set of problems from a diverse range of problems in biology will be used as examples.
Да, полезно. Более или менее в этом и состоит биофизика. Я думаю тебе не нужно для этого ничего читать, и так всё будет ок.
К тому же, у него реально будут абсолютно разные проблемы из разных опер.
Я занимаюсь, да.

demiurg

В целом же цель — понять до начала лета стоит ли мне покидать мои сверхшустрые частицы и ради чего именно...
В первую очередь это конечно дело вкуса и интереса. Я понял в итоге, что мне биология очень интересна, a material science довольно скучен (такая оппозиция, потому что я более или менее специализировался в статфизике). Ну и по-моему, это гораздо интереснее частиц, и хотя не фундаментально, но на самом деле конкретного разнообразия проблем гораздо больше чем в физике частиц. Впрочем, дело вкуса.
Из объективных факов следует упомянуть что больше всего бабла идёт на биологию, потом на химию, потом на физику, потом на математику. Теоретическая физика частиц — между двумя последними, соответственно искать бабло будет сложнее.
Но в каком-то смысле биофизика состоит в том, чтобы найти в биологии проблему и рассмотреть её с точки зрения физхимии. Тут важно выделить главное и не закапываться в деталях и вариантах. этим физики-теоретики кстати грешат немного.

demiurg

Neuroscience, как я понимаю, наука пока что в основном экспериментальная. То есть, вроде появляются всякие модельки про нейроны которые там вместе работают или не работают, но они пока слишком математические. То есть нету теории с физхимией. Впрочем, я про это знаю очень мало, поэтому могу гнать.

archtod

Есть вот такая книжка:
http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-3527315683...
Мне она в свое время очень помогла разобраться с базовыми вещами :)

kostya11

Molecular Biology of the Cell
Чтение причиняет боль :)
К то му же она такааааая здоровая и очень напоминает описательную магию.
Может быть есть что-нибудь более подходящее для физика-теоретика?
Такое вводное и поменьше необъяснимых чудес.
Я знаю, что биология полна ими, но я так же знаю, что кучу всего они объяснили.
Да, и есть ли что-нибудь вводное про нейроны?
Все-таки я не могу разобраться куда интереснее в моделинг протеинов или нейронов?
Второе круче на мой взгляд, но может быть там литературы на 10 лет чтения...
Хочется оценить масштаб бедствия ну и вникнуть заодно.
2 :
пока не смотрела. скоро посмотрю.

demiurg

Чтение причиняет боль
К то му же она такааааая здоровая и очень напоминает описательную магию.
Может быть есть что-нибудь более подходящее для физика-теоретика?
Хмм, ну идея в том, что физику-то ты как раз знаешь, а биологию нет. Магия — это же как раз очень увлекательно и интересно!
Такое вводное и поменьше необъяснимых чудес.
Я знаю, что биология полна ими, но я так же знаю, что кучу всего они объяснили.
Вот если займёшься биофизикой, твоя задача как раз будет их объяснять :)
Смотрел на неделе в старой лабе, там как раз есть Nelson, посмотрел содержание — вроде ничо, так что наверное можешь почитать :)
Протеины или нейроны? Про протеины известно много, а про нейроны мало (именно в биофизическом разрезе). Про протеины можешь прочитать много интересного, но сложнее найти неразрешённые интересные задачи, а в нейронах думается этого больше.
Так и биофизической литературы наверняка больше по протеинам. По нейронам много всякой медицинской, которую всё равно читать без мазы :)

kostya11

Хмм, ну идея в том, что физику-то ты как раз знаешь, а биологию нет.
Да, но у меня привычка читать физические книжки, от этого книги расчитанные на биологов вызывают муки.
Думаю следующим начну пробовать Нельсона
Я тут натолкнулась на такой отзыв, но не могу понять о какой книге идет речь. Гугл сильно не помог.
Может кто может сходу угадать. Если нет, в общем-то пофиг.
What I would suggest would be picking up an entry-level biophysics textbook or a P.Chem text book designed for biochemistry students (they do exist!)
I have this book and though it's around 1500 pages I think it's an most excellent book! I would recommend it. But then I am a fan of "thick books".

Мне правда непонятно причем тут физхимия. Но любопытно взглянуть
Что же касается
Протеины или нейроны?

Да вот не особо ясно. Если с чисто "любознательной" позиции то нейроны.
Вообще, я уже поняла, что в принципе найти инфу по протеинам и клеткам не очень сложно. Еще профессор обещал ссылок подкинуть.
А вот нейроны...
В общем я на самом деле хз.
У нас еще к департменту толковых биофизиков не прикркплено, так что придется к товарищам с других департментов "клеиться". Что возможно не вполне разрешено, хотя кто знает.
Иными словами я сейчас пытаюсь разобраться к какой именно области относятся мои научно-фантастические идеи, насколько физикам туда можно(сложно) ну и приобрести основные знания без которых меня ни в какую биологию не возьмут.
Поэтому возможно мне не текстбуки читать нужно, а может что-нибудь более вводное и популярное.
Вот.

karim

если есть какие-то вопросы можно тут разъяснять, вон тот же гимли может наверное, с точки зрения физики
что конкретно вызвало боль?

demiurg

Мне правда непонятно причем тут физхимия.
Как раз очень даже причём! Биофизика — это молекулы в растворе, самая что ни на есть физхимия. Поэтому он и говорит "designed for biochem students", там типа все примеры будут из той серии.

marina355

Читай Альбертса, но не все. Тебе надо разобраться что такое белки, как работают в физхимическом плане и откуда они берутся. Можно заглянуть в биохимию белков в спецучебниках, если потребуется.
По нейронам - надо взять учебник физиологии типа Guyton and Hall. Там описано как они работают.
Если совсем сложно, то найди Грин-Стаут-Тейлора, это книга по которой готовятся абитуриенты на биофак. К описательной магии надо привыкать, если хочешь работать с биологическими объектами. Под биологию дают бабло

marina355

Neuroscience, как я понимаю, наука пока что в основном экспериментальная. То есть, вроде появляются всякие модельки про нейроны которые там вместе работают или не работают, но они пока слишком математические. То есть нету теории с физхимией. Впрочем, я про это знаю очень мало, поэтому могу гнать.
Может там мембраны имеются в виду, их динамика и транспорт через них? Там физики много, а взаимодействие нейронов как-то с позиций математики/программирования рассматривают.

karim

взаимодействие нейронов как-то с позиций математики/программирования рассматривают

дибилы

demiurg

Там всё имеется в виду. То что ты сказал кагбэ является частью Neuroscience, т.к. есть в нейронах, но вообще это молекулярная биология, биофизика, физхимия итд, т.к. есть не только в нейронах.

kostya11

что конкретно вызвало боль?
Конкртено непривычка читать тексты состоящие из слов :grin:
Отвлекаюсь моментально когда глазом не за что зацепиться — дурная привычка
А еще то что они сразу умными словами бросаются, типа вот полипептиды и поехало.
Хорошо, полезла в википедию, прочитала, что-то поняла, пошла читать дальше, а там полинуклеотиды появились (разделенные союзом and с полипептидами). Возвращаюсь к википедии. Потом U соединяется с G кажется, а сфигли? Кто они? Ну хоть бы формулу что ли нарисовали....А при каких условиях они соединяются? Не ну ладно, написали, что при некоторых. И на том спасибо.
На прочтетние одной страницы теста 1500 страничной книги уходит непростительно много.
Я вот до сих пор черз это все (и домашек по квантовй теории информации) в самом начале.
Я вот думаю, может забить на первую главу? С другое стороны там эволюция — тоже интересно.
И вообще, вдруг что-то важное пропущу.
Тяжело мне быстрый просмотр безформульного тексат дается. Ну как поянть, что тебе этого читать не нужно, если там одни слова?
Да и вообще я не люблю читать.
Мне нравиться считать и думать.
Ну да ладно — это нытье.
А если конкретные непсихологического плана вопросы будут, я спрошу :)
Вообще что касается Альбертса. 5е издание много лучше 3го?
У меня хардкопи только третьего есть

marina355

У меня хардкопи только третьего есть
тебе по ходу и его хватит
А биологическая инфа такая, да
За этими бесконечными словами лежат тонны статей с данными по химии, кристаллографии, физике, в которых описано почему A-T G-C. Тебе надо это принимать как есть, т.к. разбираться с нуля нет времени.
Но не боись, я знаю кучу физиков, успешных в биологии, это подъемный материал, просто надо привыкнуть.

karim

читай ленинджера тогда, альбертса фтопку :D

ivan_zolotukhin

Про нейроны почитай что ли Izhikevich, "Dynamical systems in neuroscience"
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: