Какие аминокислоты заряжены при нейтральном рН

liool

?

demiurg

Поскольку никто еще не ответил, отвечу как умею:
Думаю, почти все, где есть чему заряжаться

kjjff

аминокислоты все будут заряжены, так как во всех них присутсвуют концевая амино-группа и карбоксильная группа
так или иначе будут и + и -, либо + + и -, или - - и +...
а аминокислотные остатки в полипептидной цепи не все будут заряжены, это зависит от наличия и свойств соответствующих групп, и опять же, частично они заряжены или почти полностью, будет зависеть от самих групп
валин, лейцин и изолейцин - не заряжены, так как у них только углеводородные заместители
у лизина и аргинина есть аминогруппы, которые могут быть протонированы, причем обе формы, NH2 и NH3(+) бутут присутстовать, так как всегда есть равновесие, положение которого определяется рН
карбоксильные группы в заместителях тоже будут присутсвовать в обеих формах
SH и ОН (цистеин и серин) группы плохо диссоциируют, при нейтральных рН вряд ли они будут заряжены

karim

валин, лейцин и изолейцин - не заряжены, так как у них только углеводородные заместители
и глицин
вообще, считать надо по константам для конкретного рН

HardamSee

такие девушки и разбираются в а/к,
для чего надо заряженное состояние?
тут и аргини может быть отрицательным (обсуждалась такая шняга на каком-то амберовском форуме)

karim

посчитаю заряд любой белковой аминокислоты при заданном рН
дорого

spiritmc

Рассчитаю водный раствор любой белковой аминокислоты.
Дорого.
Скидки предоставляющим справочную информацию.
---
...Я работаю антинаучным аферистом...

karim

а я еще рН для разных растворов рассчитываю
и справочная инфа на полочке стоит

spiritmc

pH --- это побочный продукт при расчёте концентраций.
Либо исходные данные.
---
...Я работаю антинаучным аферистом...

zuzaka

> и справочная инфа на полочке стоит
тогда КОНТРА предоставит тебе скидку

karim

будто концентрации так тяжело расчитывать

spiritmc

Зависит от состава раствора.
---
...Я работаю антинаучным аферистом...

karim

ну раствор из 100 компонентов имхо глупость
а вот из 10 расчитывается легко

spiritmc

Не настолько легко, как тебе кажется.
25 составляющих бывает, кстати.
---
...Я работаю антинаучным аферистом...

chel_1992

тебе аминокислоты нужны в составе белка или сами по себе?
почитай финкельштейна, там рК всех боковых групп аминокислот есть.
аргинин, лизин, гистидин, глутамин (? аспаргин (?) - положительно заряжены
аспартат, глутамат - отрицательно
вроде все (это если в белке смотреть)

karim

в белке они как попало могут быть заряжены, зависит от окружения

chel_1992

если глубоко лезть в проблему, то да, сдвиги рК для протонируемых группировок, конечно, есть. но если просто оценить заряд белка в воде надо, то в первом приближении на это можно забить

karim


не, заряд белка в воде ты так не оценишь никогда
надо хотя бы трехмерную стуктуру знать чтобы понять что там наружу ваще торчит

chel_1992

приехали. а как его тогда оценивают?

karim

угодай с трех раз

chel_1992

я не про эксперименталку говорю - с ней все понятно. я про теорию. ну есть у тебя 3Д белка, как ты будешь заряд оценивать, если не по рК протонируюмых кислот в белка?

karim

зачем нужны архисложные расчеты рКов аминокислот и их взаимодействий между собой если можно померить экспериментально?
или сами по себе рК любых кислот тоже следует рассчитывать исходя из строения молекулярных орбитаелй?

chel_1992

не такие уж они и архисложные. а сдвиги рК аминокислот в белке происходят из-за того, что локальный рН отличается от рН раствора. и молекулярные орбитали рассчитывать не обязательно
а нужны они для того, чтобы
в белке они как попало могут быть заряжены, зависит от окружения

понять от какого такого окружения зависит заряд конкретной аминокислоты. вот и все

karim

ну давай, покажи мне пример такого несложного расчета

chel_1992

не в падлу. держи, наслаждайся
Interplay of charge distribution and conformation in peptides: comparison of theory and experiment
статью сама найдешь, или тебе выслать?

karim

пость сюда, мне лениво

chel_1992

блин, а мне постить лениво. в статье сравнивают экспериментальные и расчетные кривые титрования какого-то пептида. там много всяких формул, выбирай любую, какая больше нравится. имея на руках какие надо программы, все это посчитать можно, если захотеть... мля... че за дебри? речь о том, что заряды аминокислот в белке не так уж и сильно отличаются от зарядов аминокислот в воде. если не стоит конкретной задачи найти сдвиг той или иной аминокислоты, то этим можно пренебречь... надо же чем-то в расчетах пренебрегать, иначе вообще ничего не посчитаешь. вот.

karim

отличаться могут с точностью до наоборот, читай любой учебних про строение белков
кстате, а зачем нужна галимая точность в расчетах если можно просто измерить?

chel_1992

а потому что не все измерить мона. ну и собсна как ты мерить будешь, если у тебя теории не будет? а теория возникает после того, как экспериментальные данные совпадают с чьей-нить гипотезой, и пр. и пр. просто разные подходы - разные методы. ну и посчитать, обычно, дешевле получается, чем померить

karim

мда... :/
Оставить комментарий
Имя или ник:
Комментарий: